Die Programmkonferenz legt die redaktionelle Linie des Senders fest und erstellt das Programmschema, das der Mitgliederversammlung vorgelegt wird.
Sie tagt monatlich in der Straßburger Zentrale und wählt aus den Programmvorschlägen der Mitglieder – ARTE Deutschland und ARTE France – Sendungen für die Programmplanung aus. Sie setzt sich aus vier Vertretern von ARTE GEIE – darunter dem Programmdirektor, der die Programmkonferenz leitet – und je zwei Vertretern des deutschen und französischen Mitglieds zusammen. Außerdem nimmt mit beratender Stimme jeweils ein Vertreter der Partnersender teil.
Die beiden Mitglieder ARTE Deutschland und ARTE France liefern je 40 % des ARTE-Programms. Die übrigen 20 % kommen von ARTE GEIE und den europäischen Partnern. ARTE Deutschland und ARTE France übermitteln Programmvorschläge und liefern die von der Programmkonferenz ausgewählten Sendungen an die Sendezentrale ARTE GEIE in Straßburg.