Dès le début de cette troisième saison, la vie de Walter semble avoir du plomb dans l'aile. Si les choses s'améliorent côté santé avec la rémission de son cancer, rien ne va plus côté familial. Skyler, l'épouse aimante et soutien de poids, l'a quitté peu de temps après avoir accouché d'une petite Holly. Il faut dire que la décision de Walter de tout avouer à sa femme n'a pas l'effet escompté : apprendre que son mari produit de la méthamphétamine pour le compte d'un narcotrafiquant afin de subvenir aux besoins de sa famille donne au contraire à Skyler une bonne raison d'exiger le divorce.

En froid avec son jeune associé Jesse Pinkman, parti en cure de désintoxication, Walter reprend le chemin du laboratoire clandestin de Gus Fring, son boss aussi énigmatique que dangereux. Aidé dans la fabrication de drogue par Gale Boetticher, rival très motivé et enthousiaste, Walter continue d'amasser un salaire monstrueux. Hélas, l'argent gagné ne suffira pas à le protéger du cartel mexicain qui a mis sa tête à prix. Ni contre son beau frère, Hank, l'agent des stups anxieux mais efficace, à deux doigts de découvrir la double vie de notre anti-héros... Pour sa survie, Walter White va définitivement devoir passer aux choses sérieuses. Et sanglantes.