Dès l’époque byzantine, les régions où vivent aujourd’hui encore des chrétiens d’Orient comptent un grand nombre de confessions. Les relations entre chrétiens et musulmans connaissent différentes phases :

• Au début de l’expansion de l’islam, les chrétiens sont encore en majorité ; le droit islamique leur confère le statut de Dhimmi, c’est-à-dire de personnes protégées. Ils payent un impôt spécial (jysia), en contrepartie de quoi ils sont tolérés. La levée de cet impôt pour les non-musulmans, les massacres et les changements de souverains incitent de nombreux chrétiens et d’autres non-musulmans à se convertir à l’islam.
  
  
• A l’époque des croisades, plusieurs Etats sont fondés par les croisés (comté d’Edesse de 1098 à 1144, de Tripoli de 1151 à 1289, principauté d’Antioche). Autre Etat chrétien en marge des croisades : la Petite-Arménie, dont le royaume se maintient pendant 300 ans. La méfiance à l'égard des communautés chrétiennes s'intensifie, ce qui engendre de nombreux massacres.
  
  
• Après la chute de Constantinople, Mehmet le Conquérant octroie aux Byzantins chrétiens vaincus le statut de communauté religieuse protégée, "millet" (nation en turc moderne). Chaque millet est placé sous l’autorité d’un patriarche, lui-même adoubé par le sultan, qui doit veiller au respect des obligations. Les trois millets non-musulmans disposent d’une certaine autorité religieuse et séculière au sein de leur communauté.

A partir du milieu du 18^e siècle, les non-musulmans acceptent de moins en moins bien leur statut juridique. Profitant de la polémique qui s’instaure en Europe autour du système des millets à la fin du 19^e siècle, certains pays décident de s’ingérer dans les affaires intérieures de l’Etat ottoman. La France et la Grande-Bretagne prennent le contrôle de plusieurs territoires, instaurant des "protectorats" au Liban, en Syrie, en Palestine, en Irak, en Jordanie et au Koweït.

Aujourd’hui, les chrétiens d’Orient ont pratiquement disparu de la mémoire des Occidentaux. Pourtant, on compte pas moins d’une soixantaine d’Eglises d’Orient, l’araméenne, l’iranienne, la turque, l’arménienne, l’arabe... Du fait des conversions à l’islam, de l’émigration des chrétiens, des massacres et du déclin démographique, leur nombre dans la région n’a cessé de reculer. En 1900, ils étaient encore plus de 20 % en Egypte, 30 % en Syrie et plus de 50 % au Liban. En 2006, on n’en dénombre plus qu’environ 10 % en Syrie, presque 50 % au Liban et 7 % en Egypte. Les chrétiens vivant dans l’actuelle Turquie, qui représentaient encore 20 % de la population au début du 20^e siècle, ont pratiquement disparu à la suite du génocide arménien, des massacres perpétrés sur les populations grecques et araméennes, de l’exil et de l’émigration. Aujourd’hui, ils ne constituent plus que 0,3 % de la population turque. Au Liban, cette tendance a été encore accentuée par la guerre civile (1976-91), qui a fait perdre aux maronites (chrétiens) leur position dominante.