A l'époque des Song (960–1279), certains philosophes commencent à critiquer le taoïsme et le bouddhisme. Ils rejettent le mépris professé par les bouddhistes vis-à-vis des biens matériels et s'efforcent de travailler à l'amélioration de l'Etat et de la société conformément aux écrits confucéens.
Zhu Xi (1130–1200), figure la plus éminente du néo-confucianisme, écrit les "Quatre livres", sorte de manuel de la doctrine néo-confucéenne. Ils contiennent les ouvrages de Mengzi, les "Entretiens" (entre des disciples de Confucius et le Maître) et deux textes choisis dans le "Livre des Rites". Les "Cinq classiques" (confucianisme) et quelques autres écrits forment le nouveau canon confucéen, et figurent au programme des examens des fonctionnaires.
Zhu enseigne aussi que toute chose, et donc l'homme, est formée d'un "principe ordonnateur" (li) et de la force vitale (qi). Le "qi" impur détermine l'apparence extérieure des choses, tandis que le "li" (qui ne doit pas être confondu avec li = usage, rituel) détermine le caractère (la nature, l'être) de la chose, des événements ou de la personne. Transposé à l'homme, ceci signifie que le "qi" le façonne tandis que le "li" détermine sa vraie nature. La philosophie confucéenne spécula à l'infini sur le sens de ces principes.